Η πανδημία προκάλεσε πρωτόγνωρες συνθήκες στον κλάδο των αερομεταφορών στην Ευρώπη στο δεύτερο τρίμηνο του 2020. Σχετικά με την AEGEAN, o συνολικός αριθμός των πτήσεων που πραγματοποιήθηκαν μειώθηκε κατά 82% στο δεύτερο τρίμηνο του 2020 (με μείωση 95% και 92% τον Απρίλιο και τον Μάιο αντίστοιχα), ενώ η επιβατική κίνηση μειώθηκε κατά 92%. Ο κύκλος εργασιών κατά το δεύτερο τρίμηνο ανήλθε μόλις σε 40,4 εκατ. ευρώ, παρουσιάζοντας μείωση 88% συγκριτικά με το 2019, ήτοι μείωση κατά 307 εκατ. ευρώ.
Οι καθαρές ζημιές προ φόρων (εξαιρουμένων των έκτακτων αποτελεσμάτων) ανήλθαν σε 58,7 εκατ. ευρώ, από κέρδη 31,5 εκατ. ευρώ το αντίστοιχο διάστημα του 2019. Με την επίδραση και του δεύτερου τριμήνου, το πρώτο εξάμηνο ο κύκλος εργασιών κατέγραψε μείωση 64% και ανήλθε σε 187,4 εκατ. ευρώ, ενώ το συνολικό λειτουργικό αποτέλεσμα προ φόρων ανήλθε σε ζημιές 132,3 εκατ. ευρώ. Το αποτέλεσμα της εταιρείας επιβαρύνθηκε με επιπλέον έκτακτες ζημιές 68,5 εκατ. ευρώ από παράγωγα αντιστάθμισης κινδύνου, κυρίως ποσότητες καυσίμου, που λόγω του περιορισμένου έργου δεν προβλέπεται να χρησιμοποιηθούν. Συνολικά το καθαρό αποτέλεσμα για το πρώτο εξάμηνο, μετά από φόρους ανήλθε σε ζημιές ύψους 158,8 εκατ. ευρώ, έναντι ζημιών ύψους 13 εκατ. ευρώ το αντίστοιχο εξάμηνο του 2019. Σημειώνεται ότι κατά το τρίτο τρίμηνο του έτους η εταιρεία επαναπροσδιόρισε τους χρόνους παραλαβής και άφιξης των νέων αεροσκαφών Airbus A320/321 neo, διατηρώντας ακέραιο τον αριθμό νέων αεροσκαφών που θα παραλάβει σε 46, αλλά μειώνοντας το ρυθμό άφιξης νέων αεροσκαφών τα έτη 2021 και 2022. Σημειώνεται ότι έχει ήδη παραλάβει 5 νέα αεροσκάφη A320 neo, ενώ μέχρι τον Απρίλιο του 2021 θα παραλάβει επιπρόσθετα 4 A321 neo.