Ο Χρυσόστομος αρνήθηκε να εγκαταλείψει την πόλη και το ποίμνιό του και ο φανατισμένος τουρκικός όχλος τον λιντσάρισε, τον σφαγίασε, τον διαμέλισε και στο τέλος κρέμασε ό,τι είχε απομείνει από το άψυχο κορμί του.
Γεννήθηκε στην Τρίγλια της Μικράς Ασίας. Την περίοδο 1902-1910 διετέλεσε Μητροπολίτης Δράμας με σημαντική δράση στον Μακεδονικό Αγώνα. Η Εκκλησία μας τον ανακήρυξε Άγιο. H μνήμη του εορτάζεται την Κυριακή προ της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού.
Ο τραγικός επίλογος
Το βράδυ της αποφράδας 27ης Αυγούστου 1922 γράφονταν ο τραγικός επίλογος μιας εκ των δραματικοτέρων σελίδων της ελληνικής ιστορίας. Και σε τούτη, την αλήστου μνήμης έκφανση του ιστορικού μας γίγνεσθαι, ο κλήρος – αναπόσπαστο κομμάτι του ελληνικού λαού – δεν μπορούσε παρά να έχει, την δική του συνδρομή. Με τον μαρτυρικό θάνατο του ακατάβλητου πατριώτη Μητροπολίτη Σμύρνης Χρυσόστομου Καλαφάτη, αφού προηγήθηκε η διαπόμπευσή του απο το φανατισμένο τουρκικό πλήθος, η Σμύρνη και μαζί της ολόκληρος ο ελληνισμός της Ιωνίας, παραδίδονταν στην θηριωδία των κεμαλικών στρατευμάτων υπο τον βαλή Νουρεντίν μπέη.
Ο γνωστός Έλληνας λογοτέχνης και ακαδημαϊκός Ηλίας Βενέζης, ο οποίος έζησε τη λαίλαπα της Μικρασιατικής Καταστροφής, στο βιβλίο του «Μικρασία Χαίρε» γράφει για τον Σμύρνης Χρυσόστομο: «Η δράση του στον καιρό του Πρώτου Παγκοσμίου Πολέμου, στον καιρό των διωγμών των Ελλήνων της Μικράς Ασίας, και στη διετία 1920-22 , τον είχε αναδείξει πρώτο στόχο. Αυτός ήταν ο ηγέτης, ο εθνάρχης, η ψυχή της Ελληνικής Μικρασίας».