Ο Bon Jovi και η σύζυγός του Dorethea Hurley έχουν έναν από τους μακροβιότερους γάμους στο Χόλιγουντ, καθώς είναι παντρεμένοι εδώ και 34 χρόνια. Ο γάμος τους έγινε στο Λας Βέγκας το 1989, μετά από εννέα χρόνια κοινής πορείας. Μαζί απέκτησαν τέσσερα παιδιά: τη Stephanie (30 ετών), τον Jesse (28 ετών), τον Jake (20 ετών) και τον Romeo (19 ετών). Παρότι είναι από τις πιο δεμένες και αναγνωρισμένες οικογένειες στο χώρο του θεάματος, αντιμετώπισαν αρκετές δυσκολίες με την πάροδο των χρόνων.
Ο πασίγνωστος μουσικός Jon Bon Jovi έχει αποκαλύψει στο παρελθόν τις μάχες που έχει δώσει για την ψυχική υγεία. Παραδέχθηκε επίσης πως η κόρη του Stephanie νοσηλεύτηκε στο νοσοκομείο μετά από υπερβολική δόση ναρκωτικών.
Το 2012 η Stephanie, που ήταν 19 ετών τότε, νοσηλεύτηκε στο νοσοκομείο μετά από λήψη οπιοειδών. Ο Jon Bon Jovi μίλησε γι’ αυτό στη Mirror, λέγοντας: «Ήταν μια φρικτή στιγμή. Ήταν η χειρότερη στιγμή μου ως πατέρας. Αισθάνομαι ότι ήταν ένα τρομερά τραγικό μάθημα ζωής, αλλά ευχαριστώ τον Θεό κάθε μέρα γιατί είναι σώα. Συνέβη και έφυγε».
Το 2016 ο Bon Jovi μίλησε για τη δική του μάχη για την ψυχική του υγεία. Παραδέχθηκε ότι τα προηγούμενα τρία χρόνια ήταν «τα χειρότερα της ζωής του». Και αυτό γιατί ο κιθαρίστας των Bon Jovi, Richie Sambora, εγκατέλειψε ξαφνικά το συγκρότημα μετά από 30 χρόνια. Χαρακτηριστικά ο ίδιος δήλωσε στη Mirror: «Ήταν μια πολύ δύσκολη περίοδος, από την οποία δεν έχω ανακάμψει πλήρως ακόμα, αλλά η γυναίκα μου ήταν εκπληκτική. Χωρίς αυτήν, δεν είμαι σίγουρος πώς θα τα κατάφερνα».
Επίσης ο σταρ αποκάλυψε πως το 1991 υπέστη νευρικό κλονισμό. Την περίοδο εκείνη ζήτησε βοήθεια από ψυχολόγο, ενώ σκέφτηκε να αυτοκτονήσει πηδώντας από ένα κινούμενο αυτοκίνητο. «Δεν είμαι έτοιμος να το μοιραστώ πλήρως, αλλά δεν ήταν όμορφο», δήλωσε.